Soa como um drive / arquivo / sistema de arquivos defeituoso / corrompido.
Isso é importante:
Você deve imediatamente criar uma imagem "bruta" da unidade e tentar restaurar / recuperar o arquivo da imagem. Não tente gravar no pen drive. Isso pode resultar em mais perda. Melhor não usar a unidade, exceto para fazer a imagem.
Uma vez que você tenha a imagem, tente montá-la e ver se a corrupção está apenas no único arquivo. Depois disso, você terá que começar a recuperar o arquivo manualmente, mas talvez não seja possível. Por favor, poste os problemas específicos para mais ajuda.
E faça uma cópia de segurança dos seus dados diariamente para que não tenha de aprender de novo da forma mais difícil!