Remova o provedor de status do pidgin:
sudo apt-get remove indicator-status-provider-pidgin
Em seguida, reinicie o Pidgin e seu ícone deve aparecer. Se isso não acontecer, apenas certifique-se de verificar novamente se o ícone da bandeja do Pidgin está ativado em suas preferências (caso essa opção tenha sido desativada quando você tiver o indicador instalado).
Para ter certeza absoluta (agora notei que o ícone está lá, mas transparente), verifique o seguinte:
- Verifique se você está usando o tema de ícones padrão no pidgin.
- Tente usar um dos temas de ícones padrão do Ubuntu, se ainda não o é.