Não, você não pode. Considere uma organização como esta:
/etc/apache2/sites-available/00-client0-first-site
/etc/apache2/sites-available/00-client0-second-site
/etc/apache2/sites-available/00-client0-third-site
/etc/apache2/sites-available/01-client1-first-site
/etc/apache2/sites-available/01-client1-second-site
Assim, você pode ativá-los sem criar links simbólicos manualmente.
Um link útil sobre vários hosts virtuais