Se você tiver acesso via SSH ao computador Windows remoto, faça o encaminhamento do encapsulamento encaminhado para o RDP, conforme descrito aqui e efetue login normalmente para a sessão GUI. Se você não sair, mas simplesmente terminar o túnel SSH ou desconectar-se do RDP sem sair, sua sessão estará ativa em todos os programas que você iniciou lá.
Se você não puder configurar o túnel reverso, poderá usar outra solução:
execute o programa na sessão 0 por meio do agendador de tarefas. Você pode configurar sua tarefa via terminal com a ajuda de schtasks.exe
. Neste caso, você só pode se comunicar com o seu programa através de IPC, loop de mensagem ou via arquivos