Você é melhor para a OMI fazendo uma instalação padrão e nova. Eu não sei uma maneira fácil de inicializar diretamente o seu ubuntu.vdi, você provavelmente poderia copiar a partição com o dd ou o gparted, mas você precisaria instalar e configurar manualmente o grub.
A instalação fará a configuração para você e, portanto, será mais fácil.
Você pode fazer backup de seus dados de usuário (home) em um drive USB ou transferi-los do vitrualbox com o uso de pastas compartilhadas.
Você pode gerar uma lista de pacotes instalados com
sudo dpkg --get-selections > packages.list
Você então transfere o packages.list para sua nova instalação e o usa para restaurar seus pacotes com
sudo dpkg --set-selections < packages.list
sudo apt-get dselect-upgrade