Você pode escrever um ignore pattern para combinar com certos arquivos que você está falando? Em caso afirmativo, o que você poderia fazer é usar perfis separados do Unison. Primeiro, execute o Unison com um perfil que faz a maior parte de sua sincronização com todas as suas opções prefer e preferpartial , mas ignore os arquivos dos quais você está falando. Em seguida, execute o Unison com um perfil exatamente igual, exceto sem as opções perfer ou preferpartial ou ignore . As únicas alterações que o Unison detectará durante a segunda execução serão os arquivos que você preferir que copiem na raiz A sobre a cópia na raiz B. Assim, basta dizer ao Unison para preferir a raiz A neste segundo perfil.