tivemos esse problema também. Após uma atualização para o Debian 9 em 2018-06, o rsyslogd não estava mais escrevendo para arquivos de log.
Ao executar
service rsyslog status
Descobrimos que o arquivo
/etc/rsyslog.d/named.conf
não estava sendo lido corretamente e, portanto, impedia a execução do rsyslogd.
Não precisávamos de um registro Bind9 (DNS) específico, por isso movemos o arquivo para uma extensão que não seria carregada:
mv /etc/rsyslogs/named.conf /etc/rsyslogs/named.conf.bak
Depois de reiniciar o rsyslogd
service rsyslog restart
o auth.log e outros arquivos estão funcionando como esperado.