Software Center , que vem junto com o ubuntu 16.04 , é muito problemático e é melhor evitá-lo o máximo possível.
Você pode usar Synaptic Package Manager , que é milhas à frente do padrão.
sudo apt-get install synaptic
Além disso, tente aderir ao terminal para a instalação básica do software (apenas google ubuntu {desired software} ).
Para atualizar o sistema, execute
sudo apt-get update && sudo apt-get upgrade