Parece que rsync é feito sob medida para o seu caso de uso.
Algumas opções que considero úteis são
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--progress, que pelo menos dá a sensação de que algo está acontecendo -
--dry-runque faz as comparações, mas na verdade não copia nada. Eu gosto de fazer isso depois de definir o comando para ter certeza de que não estraguei nada.