Para que o PAE funcione, você precisará do sistema e do aplicativo que o suporte. Sistema que você tem (kernel), mas nem todos os aplicativos o verão, pois geralmente não são compilados dessa forma.
Apenas aplicativos em que o desenvolvedor realizou etapas extras poderão usar essa memória. Normalmente, esses aplicativos estão entre aqueles que estão com fome de memória. O MySQL como exemplo padrão vem à mente.
Embora seu sistema e a maioria dos seus aplicativos vejam somente 3 GB, você pode ter certeza de que alguns aplicativos (por exemplo, o MySQL) saberão como usá-lo.