Eu só posso imaginar que o / MIR está assumindo que os arquivos já estão lá e não verificando novamente. Talvez inclua também o switch / FFT, que usa timestamps para comparação e veja se faz alguma diferença.
Como alternativa, deixe o robocopy registrar o que está fazendo. O arquivo de log pode revelar por que ele está atualmente ignorando arquivos ou pastas. Eu usaria o seguinte para solução de problemas:
Robocopy c:\source c:\backup /MIR /V /LOG:WhySkip.txt /XD .svn
Adicionado:
/ V - listagem detalhada incluindo arquivos ignorados
/ LOG: arquivo - saída de log para o arquivo