Que tal executar um arquivo em lote silenciosamente através de seu menu de contexto usando um dos seguintes métodos: link
como o Hidden Start, pois há uma opção para ocultar a janela do console:
Outra opção livre seria NirCMD. Os comandos exec e hide são usados para executar o script ou arquivo em lotes e ocultar qualquer abertura do console.
Basta usar o elevatecmd se você precisar de privilégios de administrador para o arquivo em lotes.
link (download x32)
link (download x64)
link (arquivo de ajuda)
Caso contrário, leia mais opções aqui: link
Espero que esta ajuda!