Embora você possa clonar facilmente a partição Linux usando dd ou até mesmo um USB "inicializável" (inicializável) com WinPE e Macrium Reflect, você também precisará manter a partição boot .
Eu não tive muito sucesso restaurando o Linux a partir de uma imagem, depois de reinstalar o Windows. Reinstalar o Linux a partir de uma distro Live e então restaurar a antiga partição Linux foi mais fácil. Mesmo assim, você pode precisar alterar o grub um pouco depois.