Então, aparentemente, a duração incorreta do EXTINF observada em fluxos alternativos foi causada por um defeito fixo , veja patchwork aqui .
Um fragmento de amostra que produzirá três versões HLS variantes, supondo que o fluxo de vídeo recebido tenha uma taxa de quadros de 29,97 fps e usando um tamanho GOP fixo, via codificador NVENC, pode ser feito da seguinte forma:
ffmpeg -loglevel debug -threads 4 -vsync 1 -i '/home/lin/Desktop/src/sowdtow.webm' \
-vf yadif -g 29.97 -r 29.97 \
-b:v:0 5250k -c:v h264_nvenc -preset llhq -rc:v vbr_hq -pix_fmt yuv420p -profile:v main -level 4.1 -strict_gop 1 -rc-lookahead 32 -no-scenecut 1 -forced-idr 1 -gpu 0 \
-b:v:1 4200k -c:v h264_nvenc -preset llhq -rc:v vbr_hq -pix_fmt yuv420p -profile:v main -level 4.1 -strict_gop 1 -rc-lookahead 32 -no-scenecut 1 -forced-idr 1 -gpu 1 \
-b:v:1 3150k -c:v h264_nvenc -preset llhq -rc:v vbr_hq -pix_fmt yuv420p -profile:v main -level 4.1 -strict_gop 1 -rc-lookahead 32 -no-scenecut 1 -forced-idr 1 -gpu 2 \
-b:a:0 256k \
-b:a:0 192k \
-b:a:0 128k \
-c:a aac -ar 48000 -map 0:v -map 0:a:0 -map 0:v -map 0:a:0 -map 0:v -map 0:a:0 \
-f hls -var_stream_map "v:0,a:0 v:1,a:1 v:2,a:2" \
-master_pl_name master.m3u8 -t 300 -hls_time 10 -hls_init_time 4 -hls_list_size 10 -master_pl_publish_rate 10 -hls_flags delete_segments+discont_start+split_by_time \
"/home/lin/Desktop/dest/vs%v/manifest.m3u8"
Marcando como resolvido.