/etc/environment
(ou o usuário específico - $HOME/.pam_environment
) é definido pelo módulo pam_env
PAM e, por sua vez, usado por login
, ssh
e programas de inicialização de sessão semelhantes para configurar o ambiente de inicialização para o usuário está logado.
/etc/environment
não entende nenhuma variável existente (ou ambiente), então $HOME
no seu caso está sendo tratado literalmente, nenhuma expansão está sendo feita, daí o erro.
Você precisa usar caminhos absolutos aqui, por exemplo:
ML="/home/foobar/ml"