/etc/environment (ou o usuário específico - $HOME/.pam_environment ) é definido pelo módulo pam_env PAM e, por sua vez, usado por login , ssh e programas de inicialização de sessão semelhantes para configurar o ambiente de inicialização para o usuário está logado.
/etc/environment não entende nenhuma variável existente (ou ambiente), então $HOME no seu caso está sendo tratado literalmente, nenhuma expansão está sendo feita, daí o erro.
Você precisa usar caminhos absolutos aqui, por exemplo:
ML="/home/foobar/ml"