O tema é definido por uma configuração no dconf - você pode obter a configuração atual com:
gsettings get org.gnome.desktop.interface gtk-theme
Assim, você pode criar um script simples para contornar o problema e alterar o tema, depois abrir o centro de software e alterar o tema quando o centro de software estiver fechado:
#!/bin/bash
gsettings set org.gnome.desktop.interface gtk-theme 'Ambiance'
software-center
gsettings set org.gnome.desktop.interface gtk-theme 'Evolve'
exit
Você pode salvá-lo em seu diretório pessoal em um arquivo chamado 'open-software-center' e, em seguida, torná-lo executável definindo-o nas propriedades do arquivo ou executando este no terminal:
chmod +x ./open-software-center
Você pode então executar ./open-software-center
no terminal, ou o comando que é aberto quando você pressiona Alt + F2
Eu não altero o tema para apenas uma janela ... mas seria interessante se alguém tivesse uma resposta para isso.