Eu suspeito que essa seja uma variante da típica classe de "condição de corrida" de bugs. Inicie uma versão não-GUI do Vim e execute o comando confirm() e você verá de onde vem o texto extra. Basicamente, o Vim está colocando o texto não-GUI confirm() no pop-up da GUI porque, no momento em que o .vimrc está sendo executado, a GUI ainda não está disponível.
Sugiro que você envie um e-mail para bugs at vim.org (endereço ligeiramente ofuscado para desacelerar spambots) com um relatório sobre isso. Você pode até mesmo vincular a essa pergunta do SuperUser.
Edit: Esse problema é ainda pior do que eu suspeitava. Eu decidi ver se eu poderia reproduzi-lo e coloquei este comando no meu .vimrc :
echo confirm('test')
E eu obtive o mesmo resultado que você fez, mas com uma linha extra adicionada consistindo de 1 , que é o valor de retorno da função confirm (). Algo está definitivamente errado aqui.
Editar dois: Se atrasar sua caixa de diálogo confirm() não for um problema, você pode fazer isso:
autocmd VimEnter * let MyTestV = confirm("IN MY_GVIMRC")
