Você pode usar o diálogo Localizar e substituir com o Modo de pesquisa definido como Estendido. Para detectar uma nova linha, digite \r\n
como neste exemplo:
Localizar:
%código%
Substitua por: user1:user1\r\nuser2:user2\r\nuser3:user3\r\nuser4:user4\r\nuser5:user5
Isso substituirá o texto:
\r\n\r\n\r\n\r\n\r\n
com cinco linhas em branco.
Se você precisar pesquisar nomes de usuário não especificados, precisará usar o RegEx para isso. Esse é outro modo de pesquisa nas opções do Notepad ++. Isso pode ajudar com isso (eu não sei como usar o RegEx): Using wildcard search / substituir no Notepad ++