O título é auto-explicativo. Não existe essa opção nas configurações da vlc, embora esta página diga que a opção de configuração para esta opção foi adicionado ao gui em vlc-1.1.7. A página é bem antiga.
vá para ferramentas > preferências > teclas de atalho e desabilitar tudo o que você quiser
Tags configure keyboard-shortcuts vlc-media-player default-settings media-keys