Primeiro de tudo: este é um problema de hardware. No interior do disco rígido, os bits são compactados mais densamente do que no exterior do disco rígido, pelo que o ruído é diferente. (E apenas pela sua descrição, sem ouvir o barulho eu posso deduzir que o Ubuntu está no fora do disco)
Em segundo lugar, é uma partição muito pequena, então fica com o pior dos piores.
Em terceiro lugar, você só tem 2,5 GB ou RAM. Dependendo do que você faz no Ubuntu e qual sabor você instalou e como você otimizou seu sistema, ele pode estar trocando (aumentando o ruído)
Conclusão: Se você só tem esse pequeno espaço disponível para o Ubuntu, por que não comprar um 16GB SLC USB stick ( não os MLC que você pode encontrar em qualquer lugar! Peça um SLC!) instale o Ubuntu lá, defina seu vm.swappiness
a 10, seu vm.max-readahead
a 2048, e seu vm.min-readahead
a 1024 e você terá uma experiência Ubuntu muito melhor sem nenhum ruído ... ; -)