Sim, o ecryptfs criptografa os arquivos individuais (geralmente usando a criptografia AES, se me lembro). Os dados são criptografados em repouso.
Dito isso, há limitações significativas para implementações um pouco mais antigas (pense em 2015 e anteriores), especialmente CV-2014-9687 entre outros - tornando-o melhor do que nada, mas não na mesma liga que a criptografia de disco completo LUKS. (Geralmente este pacote tem um registro de segurança menos estelar, mas é certamente melhor que nada, e útil quando você precisa sincronizar em um arquivo - apenas não se esqueça de fazer o backup do arquivo .encfs também.