Tente isto:
@echo off
Echo starting . . .
Set num=001
:loop
If exist “C:\Users\%username%\Desktop-%num%” echo Skipped [17-%num%]&goto Reloop
Md “C:\users\%username%\Desktop-%num%\”
Echo created [17-%num%]
:reloop
If %num%==999 go to endloop
set /a num+=1
Goto loop
:endloop
Echo done
Pause
Exit /b
Não tenho certeza se manterá os zeros ou não, não poderá testar ainda.
Além disso, embora seja verdade que este não é um serviço de criação de scripts, um script é definido como várias linhas de código, por isso pedimos e recebemos scripts, mas não um produto acabado. Eu entendo que você não sabia por onde começar, então você perguntou aqui, e eu acho que as pessoas precisam tirar conclusões precipitadas e menos opiniões aqui. Espero poder ajudar.