É seguro para a maior parte desde que você não clique na caixa de seleção de formato. Eu instalei o Ubuntu desta forma para três lançamentos agora, e não perdi nenhum dado. No entanto, a maioria recomendaria o backup antes de tentar isso.
Quando a janela de particionamento aparecer durante a instalação do Ubuntu, clique na caixa de formatação no /
Mas não formate /home