Não tenho certeza se você deseja tornar as alterações permanentes. A solução difere entre temporal e permanente.
Se você quiser torná-los permanentes, tente:
cd /new/cache/destinantion
mkdir partial
vim /etc/apt/apt.conf
Adicione então isto:
dir::cache::archives /new/cache/destinantion;
Para o link simbólico, certifique-se de ter copiado e / ou movido os arquivos de /media/myFlash/temp para /var/cache/apt/archives antes de criar o symlink. A criação da vontade simbólica excluir seu cache atual.
Aqui está um bom post que encontrei que pode ajudá-lo: Alterar um local da pasta de cache do apt