Com a busca rápida, o ffmpeg não decodifica ou filtra os quadros até que a hora de início seja atingida. Então, quando o filtro (legendas) é iniciado, ele começa no início do SRT. Mudar para a busca lenta, colocando o ss
e t
após a entrada, obtém o comportamento desejado.
ffmpeg -v warning -i video.mkv -i $palette -ss $start_time -t $duration -filter_complex "fps=60,scale=720:-1:flags=lanczos, subtitles=video.mkv [x]; [x][1:v] paletteuse" -y "$outputfile