Eu não acho que os arquivos tenham desaparecido, mas ficaram inacessíveis a você devido a um possível modo chmod errôneo. Aqui está o porquê:
A definição de 4 (representação octal) como uma permissão em usuário , grupo ou outro marca como r-- ( Representação de 3 bits, mas a mesma coisa) e não r-x conforme necessário para que os diretórios possam listar seu conteúdo.
Então, você provavelmente queria definir o modo 755 nesse diretório para torná-lo assim:
drwxr-xr-x
Se o seu gerenciador de arquivos informar que não tem conteúdo, você provavelmente não é o proprietário desse diretório (presumindo que o gerenciador de arquivos esteja sendo executado como sua própria conta de usuário). Então, tente consertar isso como root (por exemplo, usando sudo para aumentar seus privilégios), assim:
sudo chmod 755 /var/www/wordpress
E você poderá acessar seu arquivo novamente, provavelmente.