Manter pastas da web no diretório pessoal do usuário é bom por dois motivos, principalmente:
- Se você tiver um servidor da Web com vários usuários, manter a pasta www no diretório inicial do usuário ajudará na organização. Você pode, como administrador, saber facilmente qual usuário possui o conteúdo da pasta da Web.
- Segunda questão, bem, na verdade, a questão principal é a segurança. Por padrão, o Apache é executado por um único usuário: www-data. No entanto, se você tiver vários sites da Web pertencentes a diferentes usuários, digamos clientes executando em um único servidor, e se você fizer com que o usuário www-data possua essas pastas da Web, os usuários não poderão fazer nenhuma modificação nessas pastas via ssh, ftp, etc. Assim, para superar esse problema, você precisa executar o apache com outra conta de usuário para o diretório da Web de cada usuário (apache-mpm-itk, suPHP e algum outro software ajuda você a fazer isso). Nesse caso, manter as pastas da web de cada usuário no diretório inicial do usuário é o melhor. Porque um usuário pode fazer modificações em seu próprio diretório web conectando via ssh, ftp ou qualquer outro método.