A inicialização do Linux a partir do gerenciador de inicialização do Windows quebra se as atualizações do Linux

Question

Eu tenho o Windows e o Linux na mesma máquina, mesmo disco rígido, duas partições primárias.

Eu não tenho o grub e inicio os dois sistemas operacionais a partir do gerenciador de inicialização do Windows.

Eu instalei o Windows primeiro, depois instalei o Linux especificando que o gerenciador de inicialização tinha que estar na própria partição Linux e não no MBR

Então eu despejei o primeiro 512B da dita partição em um arquivo

dd if=/dev/sda3 of=/mnt/share/linux.bin bs=512 count=1

copiou para C: \ e usou o BCDEdit para criar uma entrada para o segundo sistema operacional (ou apenas boot.ini editado, em tempos de XP)

O problema é que depois das atualizações do Linux, (especialmente quando ele baixa os novos cabeçalhos do kernel) o arquivo "linux.bin" é de alguma forma desalinhado e se eu tento inicializar o Linux eu só obtenho uma tela preta.

Existe uma maneira de evitar isso?

Se eu atualizasse "linux.bin" constantemente, o problema seria resolvido?

Como posso ter certeza de que a última coisa antes do Linux ser desligado ou reinicializar é despejar o 512B e criar um novo "linux.bin"?

Obrigado