Você não deve ter problemas para escrever documentos ou programas em uma instalação do Ubuntu Wubi. Sempre que você deve sempre fazer backup de seus arquivos importantes em um armazenamento externo. Isso pode ser feito facilmente quando você inicializar o Ubuntu.
Para compartilhar arquivos com o Windows, no entanto, talvez seja melhor ter um diretório de dados formatado em NTFS compartilhado que possa ser acessado facilmente de ambos os sistemas operacionais.
Mesmo assim, também é possível montar o seu contêiner de arquivos Wubi do Windows localizado em C:\ubuntu\disks\ para acessar os dados, mas eu só recomendo fazer isso com acesso de leitura. Para fazer isso, você precisa instalar o ext2read no Windows.
Observe que, para hibernar e criptografar arquivos, uma solução de inicialização dupla pode ser melhor. Lembre-se também de que, se o seu sistema de arquivos do Windows for corrompido (o que também pode ser de malware executado no Windows), você também poderá perder a instalação do Ubuntu Wubi.
Veja também: Qual é a diferença entre o Wubi e um regular? "ao lado da instalação do Windows"?