Abra uma janela de prompt de comando e use a seguinte sintaxe para excluir uma pasta e subpastas, juntamente com todos os arquivos neles:
rd "<drive:\folderpath>" /s
Por exemplo, se o caminho da pasta for E: \ Boot, para excluí-lo você usaria:
rd E:\Boot /s
Se o caminho da pasta contiver espaços, será necessário colocar o caminho entre aspas duplas.