O alto uso da CPU em um sistema linux escrito em um volume NTFS pode vir de várias fontes, como descrito no tuxera (o mantenedor do ntfs-3g). Eles fazem uma versão otimizada e comercializada de um driver ntfs, mas isso não é de código aberto, nem está facilmente disponível. Se você está comprometido com o NTFS, você está preso com este driver ntfs-3g menos stream-alinhado.
Supondo que você esteja usando uma versão recente do Ubuntu, com uma versão recente do NTFS-3G, as opções são os programas que frequentemente lêem / escrevem grandes blocos de dados na unidade, o aplicativo acessando a unidade com freqüência (como o rsync). unidade sendo conectada através de uma conexão usb lenta (possivelmente a velocidade da porta USB retardada por um dispositivo lento / hub sendo anexado), VMWare usando arquivos temporários na unidade NTFS, ou a unidade sendo excessivamente fragmentada (muito debate em torno desta questão, muitos as pessoas dizendo que a unidade não deve ficar muito fragmentada para o Linux, a menos que você também esteja inicializando uma instalação do Windows fora dessa unidade). Leia o link acima para mais informações sobre estes e mais.
Minha solução foi ir ao meu fstab e modificar a linha de montagem para incluir big_writes nas opções (por exemplo: defaults, big_writes ....). Isso fez com que escrevesse grandes blocos, em vez de pedaços menores.
Desabilitar o acesso do samba à unidade e desligar os scripts python que acessam a unidade não tiveram nenhum impacto para mim.