Aqui está uma solução para este problema ...
Etapa 1
Instale o xdotool ...
$ sudo apt-get install xdotool
Etapa 2
Para começar a empatia no modo oculto só para você ...
$ mkdir -p ~/.config/autostart
$ cp /usr/share/applications/empathy.desktop ~/.config/autostart
$ gedit ~/.config/autostart/empathy.desktop
... OU ....
Para começar a empatia no modo oculto para todos os usuários ...
$ cp /usr/share/applications/empathy.desktop /etc/xdg/autostart
$ sudo gedit /etc/xdg/autostart/empathy.desktop
Etapa 3
Na seção [Desktop Entry]
Substituir ...
Exec=empathy
Com ...
Exec=sh -c 'empathy & xdotool search --sync --onlyvisible --class "empathy" windowmove 25 25 windowunmap'
Por fim, salve suas alterações; saia e faça o login novamente. Você verá a janela do Empathy "flash" por fração de segundo e então ela desaparecerá. A empatia continuará a ser executada em segundo plano e você poderá abrir a janela de contatos do Empathy (a partir do indicador de unidade) sempre que quiser.
Nota: Se você não gostar da linha de comando, instale xdotool
usando o Centro de Software. Em seguida, use a GUI de aplicativos de inicialização do Dash para criar um novo ativador chamado "Empatia" e insira o seguinte como o comando: sh -c 'empathy & xdotool search --sync --onlyvisible --class "empathy" windowmove 25 25 windowunmap'
.