Sinta-se à vontade para excluir todas as pastas que você mencionou. O Ubuntu não os utiliza e, em vez disso, usa sua própria pasta de reciclagem chamada ./Trash
Editar 1 : Espere que o Microsoft Windows recrie as pastas relacionadas a recicladores na próxima vez que você conectar a unidade a uma máquina com Windows.
Além disso, a pasta found.000 indica que seu disco rígido teve um problema ao ler dados no passado, que o scandisk da Microsoft detectou e tentou recuperar. Se os dados da unidade forem importantes para você, certifique-se de ter um backup atual da unidade.
Obrigado ao brunopereira81 por mencionar a origem da pasta found.000.
Espero que ajude