IMO a melhor solução é usar um assistente GIT_ASKPASS personalizado e entregar a senha como outra variável de ambiente. Por exemplo, crie um arquivo git-askpass-helper.sh as:
#!/bin/sh
exec echo "$GIT_PASSWORD"
e, em seguida, execute git clone https://username@hostname/repo com as variáveis de ambiente GIT_ASKPASS=/path/to/git-askpass-helper.sh e GIT_PASSWORD=nuclearlaunchcodes .