O GNOME 3 no Ubuntu 11.04 foi muito experimental, então o time do Ubuntu não incluiu um repositório oficial para o GNOME 3. Se eles o fizessem, ele teria quebrado o Unity naquele lançamento. É somente no Ubuntu 11.10 que eles fundiram o GNOME 3 com o Unity e, portanto, o GNOME 2 foi abandonado.
Eu diria que você não tem nada com que se preocupar. Contanto que você fique longe do repo experimental do GNOME 3 que o Ubuntu deu (você tem que configurar isso manualmente), então você está seguro com o GNOME 2.