Suponho que você esteja falando do pequeno quadrado no lado direito da barra de tarefas ao lado da bandeja do sistema.
Esse ícone não minimiza as janelas. Para o sistema operacional, a área de trabalho é uma janela normal sem borda ou controles. A única coisa especial sobre isso é que está sempre na parte inferior da ordem Z. Clicar nesse quadrado aumenta temporariamente para o topo da ordem Z (fazendo com que cubra todas as janelas abertas), mas não minimiza nenhuma janela aberta existente. Ele também retornará para a parte inferior da ordem Z instantaneamente sempre que outra janela recuperar o foco.
Em seu programa, você poderia obter um identificador para a janela da área de trabalho e verificar a posição de ordem Z. Deve ser a única janela com um número negativo (se a memória servir). Existem chamadas de API do Windows que podem obter essas informações para você. Quanto a saber se uma linguagem de script poderia fazer isso, eu não poderia dizer. Eu sei que AutoIT e KiXtart ambos têm funções que podem espionar IDs de controle de janela, mas eu não sei se eles poderiam obter essa informação da janela do Desktop.