Como sugerido, desativei os addons e os habilitei até descobrir qual deles estava causando esse comportamento. Acontece que foi Multiple-Highlighter , e é um comportamento que foi introduzido no última atualização.
Se você destacar alguma coisa com o mouse e pressionar shift , este número aparecerá e você poderá clicar nele para destacar todas as ocorrências do texto realçado pelo usuário.
Minha solução foi mudar a configuração controlando este comportamento de shift para z .