Acabei de encontrar o mesmo problema e o libboost1.54-dev simplesmente não iria sobrescrever o libboost1.53-dev. Meu objetivo era instalar o libboost1.54-all-dev, mas todos os outros pacotes dependiam do libboost1.54-dev e não seriam instalados.
Então eu fui para packages.ubuntu.com e procurei por libboost1.54-dev para atrevido ( link ) e baixou o arquivo.
Uma vez que o arquivo deb estava no meu computador eu tive que instalá-lo enquanto o forçava a sobrescrever com a seguinte linha:
sudo dpkg -i --force-overwrite libboost1.54-dev_1.54.0-2ubuntu3_amd64.deb
depois disso, basta fazer
sudo apt-get update && sudo apt-get install -f && sudo apt-get autoremove
resolveu o problema.
Espero que isso ajude.