Para atingir seus objetivos, incluindo a inicialização, você está querendo fazer duas coisas. Uma delas é copiar as duas primeiras partições. A outra coisa que você está procurando fazer é copiar o processo de inicialização. Com um formato MBR tradicional, que você pode estar usando, o processo de inicialização está contido nos primeiros 512 bytes de um disco, que é chamado de MBR. Isso não faz parte de nenhuma dessas partições. (A outra parte do processo de inicialização está contida nas partições que são copiadas.)
Se você estiver usando o GPT, os mesmos conceitos se aplicam, embora a seqüência de inicialização envolva mais do que apenas os primeiros 512 bytes do disco. Algumas ferramentas funcionam melhor com o GPT do que outras.
Você pode ser mais fácil apenas fazer uma cópia completa da imagem. Naturalmente, a cópia falhará, já que você ficará sem espaço, mas isso pode simplesmente resultar em uma cópia parcial corrompida da terceira partição, que você pode excluir.
Observe que, em vez de tentar copiar a seqüência de inicialização existente, talvez seja mais fácil apenas recriá-la. Comece apenas concentrando-se em obter as partições copiadas e certificando-se de que elas foram escritas corretamente no disco. Em seguida, reative a inicialização (reativando o código de inicialização ... nos discos MBR, isso foi frequentemente descrito como reinstalar o MBR). Com o Windows 7, o BCDEdit pode ser útil para isso.