Desculpe, não há pontos para comentar aqui ainda.
Adivinha:
- extremamente grande thumbnails.db (e desktop 'carrega' aqueles deste cache)
- ícones da área de trabalho com redes que demoram muito tempo para responder (mas isso deve ser limitado por algumas configurações do registro ...)
Conselhos:
Já que você pode rodar o SFC, provavelmente você pode baixar o Process Explorer (produzido pela equipe Microsoft Sysinternals, freeware) e mata / reinicia o Explorer ou grava todo o processo de inicialização com, por exemplo, o Process Monitor (adicione-o ao início automático do Windows) e diagnostique o problema completamente.