Funciona quando você o executa manualmente porque provavelmente o está executando a partir do diretório que contém o arquivo config.txt . Seu crontab será executado a partir do diretório inicial do usuário cujo crontab é. Então, se você executou crontab -e como o usuário foo , ele estará procurando por /home/foo/config.txt .
A correção mais simples seria usar o caminho completo no seu script python:
my_bot = TwitterBot("/home/foo/config.txt")
Além disso, o seu script parece meio estranho. Por que tantas importações? Por que reiniciar o bot tantas vezes? Eu não posso testar, mas você tem certeza de que não quer apenas:
#!/usr/bin/env python
from TwitterFollowBot import TwitterBot
my_bot = TwitterBot("config.txt")
my_bot.sync_follows()
my_bot.auto_rt("@ShoutGamers", count=2200)