Eu enfrentei o mesmo problema ao clonar o Windows 7. Clonar o XP foi fácil, mas ao instalar o Windows 7, ele cria uma partição de inicialização oculta chamada Sistema Reservado. Quando clonamos o Windows 7, clonamos apenas a unidade que contém os arquivos do Windows e não a partição de inicialização oculta. Para resolver esse problema, instalei o Windows 7 no novo HDD e, depois que a instalação foi concluída, eu clonei outro sistema na partição Windows do novo HDD.
Não sei se você já tentou algo assim. Espero que ajude.