Quando atualizei meu Nexus 5 para o Android 6.0, percebi a mesma coisa.
Há simplesmente um novo modo USB, obviamente definido por padrão: somente carga.
Você deve ter uma notificação para isso. Toque nele e você poderá reativar o modo MTP para mostrar o conteúdo do dispositivo como um dispositivo USB.