Problema resolvido adicionando o arquivo .conf em /usr/share/X11/xorg.conf.d/ Eu fiz um arquivo chamado mousefix.conf e coloquei o seguinte nele
Section "InputClass"
Identifier "Mouse Remap"
MatchProduct "Madcatz Mad Catz R.A.T.3 Mouse"
MatchDevicePath "/dev/input/event*"
Option "ButtonMapping" "1 2 3 4 5 0 0 8 9 0 0 0 0 0"
EndSection
Section "InputClass"
Identifier "Mouse Remap"
MatchProduct "Saitek Cyborg R.A.T.3 Mouse"
MatchDevicePath "/dev/input/event*"
Option "ButtonMapping" "1 2 3 4 5 0 0 8 9 0 0 0 13 14"
EndSection
Salvei em /usr/share/X11/xorg.conf.d/ e reiniciei tudo corrigido!