Quando o atop é instalado, ele também instala um serviço do sistema que o mantém em execução em segundo plano. O serviço é iniciado toda vez que o computador é iniciado.
Além disso, os pacotes podem ter (e geralmente possuem) scripts que são executados automaticamente antes da instalação, após a instalação, antes da remoção e após a remoção.
No caso de atop , há um script de pós-instalação ( /var/lib/dpkg/info/atop.postinst ) que executa invoke-rc.d atop start . Isso é bem típico em sistemas baseados em Debian: quando você instala um serviço, ele é iniciado automaticamente.
Então, o que esse serviço atop faz? Lendo /etc/init.d/atop , ele acaba rodando o seguinte (onde $CURDAY representa o dia atual, por exemplo 20161220 no momento da escrita):
/usr/bin/atop -a -w /var/log/atop/atop_$CURDAY 600
De acordo com a página man, isso mantém um comando atop em execução o tempo todo, gravando dados brutos em /var/log/atop a cada 10 minutos (600 segundos), para sempre (até que a máquina seja desligada). Isso permite que o usuário examine o uso passado do sistema, não apenas o uso atual. Dê uma olhada na seção ARMAZENAMENTO DE DADOS RAW da página man.
Agora, como atop aparentemente falha na sua máquina, você recebe uma falha quando o pacote é instalado (e o serviço é iniciado) e uma falha toda vez que o computador é iniciado (porque isso inicia o serviço). Há também uma tarefa cron que reinicia o serviço à meia-noite (para que um novo arquivo de log seja usado todos os dias), assim você obterá mais uma falha à meia-noite.
Se você se preocupa apenas com a execução de atop na linha de comando e não se importa com o serviço, é possível desativá-lo executando sudo update-rc.d atop disable .