O fluxo geral é provavelmente
- Extrair fonte do PDF
- Tente comparar a fonte com a codificação conhecida diferente e veja se é uma dessas
- Ou, alternativamente, pode ser algo realmente usado em particular
- Faça um relacionamento inverso verificando a tabela de conversão se souber qual codificação ela é, caso contrário, trabalhe com a fonte extraída em pdf