Normalmente, o hipervisor é executado em hardware bare-metal para melhor desempenho.
Em seguida, uma ou mais Máquinas Virtuais Convidadas (VMs) são executadas na parte superior do hypervisor, automática ou manualmente. Então, sim, você pode configurar um sistema operacional convidado para execução automática no modo de janela integrada (digamos, Windows) e, em seguida, em outro sistema operacional convidado, sem nenhuma interface do usuário. Você precisaria trabalhar para que o usuário não visse nada incomum durante a inicialização, mas se isso for um negócio, talvez você não se importe.
Resumo: Sim , mas você provavelmente tem métodos muito melhores para atingir sua meta. Se estamos falando de janelas, por que não apenas um serviço do Windows que é transparente e em segundo plano.