Parece que nenhum dos scripts de perfil ou bash são executados ao usar o ssh não interativo. Então eu tive que chamá-los explicitamente:
ssh <user@servername> "source /etc/profile; echo \$SGE_ROOT"
Também tive que comentar esta linha em ~/.bashrc
file:
# If not running interactively, don't do anything
[ -z "$PS1" ] && return