Por algum motivo, o Telegram cria dois arquivos .desktop
quando instalado; um em /usr/share/applications
e um em ~/.local/share/applications
Agora, basta renomear o local para que não seja lido:
mv ~/.local/share/applications/telegramdesktop.desktop ~/.local/share/applications/telegram
Isso mata imediatamente o segundo ícone.
Você pode ter que repetir quando o Telegram se atualiza, pois ele irá gerar novamente o arquivo