Se você estiver familiarizado com o MS-Windows, o meio usual de instalar um software sob esse sistema é o setup.exe. Como você viu, o Ubuntu usa pacotes.
A diferença principal (ENORME) é que os pacotes têm o que é chamado de dependências, então um sistema como o APT pode sair e baixar todas as dependências necessárias antes de instalar o pacote selecionado. É claro que às vezes todas as dependências já estavam satisfeitas, então apenas um pacote é instalado.
Um setup.exe e um pacote é uma aglomeração de arquivos dentro de um único arquivo binário. Na maioria dos casos, este é um arquivo compactado de algum tipo. No MS-Windows, eles geralmente usam zip. Pacotes Debian / Ubuntu usam ar e tar (ar como um wrapper, tar para salvar todos os arquivos do pacote).
Então ... de acordo com a definição geral de software, um pacote pode ser visto como um software. O fato de precisar de dependências que são instaladas automaticamente é um artefato. No entanto, alguns pacotes não são softwares propriamente ditos. Ou seja, um pacote -doc provavelmente é apenas um arquivo HTML ou man.
Como programador, eu diria que o software é o arquivo que é instalado em / usr / bin (ou um equivalente). Esses arquivos são o cérebro real do software, o programa compilado que é enviado para a CPU em seu computador para fazer coisas.